Von 2001 bis 2012 war Böhler freie Mitarbeiterin bei der Bundeszentrale für politische Bildung, von 2003 bis 2005 zudem wissenschaftliche Mitarbeiterin am Lehrstuhl für Verwaltungsrecht, Verwaltungsprozessrecht und Umweltrecht der Universität Potsdam. An der Humboldt-Union zu Berlin promovierte sie 2005 mit einer Dissertation zum Thema „Die Landfrage in Simbabwe – eine juristisch zeitgeschichtliche Untersuchung“ zur Dr. iur. 2005 bis 2006 fungierte sie als persönliche Referentin des Rektors Wolfgang Loschelder der Universität Potsdam, ehe sie mit seinem Ausscheiden aus dem Amt (2006) in das Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kultur des Landes Brandenburg wechselte. Im Ministerium fungierte sie bis 2015 als stellvertretende Leitung des Referats für Hochschulrecht, Justiziariat, Studienstrukturreform und private Hochschulen, 2013 bis 2014 übernahm sie auch die kommissarische Leitung des Referats. 2007 bis 2015 leitete sie nebenamtlich den Stipendiatenaustauschs Go Africa … Go Germany … und das Programm der entwicklungspolitischen Bildung Comenga. Seit 2013 ist Böhler Mitglied der Sozialdemokratischen Partei Deutschlands. 2015 übernahm sie im brandenburgischen Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kultur die Leitung der Stabsstelle Gesundheitscampus Brandenburg, 2017 wurde sie Leiterin des Referats für Grundsatzfragen des Hochschulwesens, Hochschulplanung, Hochschulforschung, DFG ebendort.
Katja Böhler auf der Website des Thüringer Ministeriums für Wirtschaft, Wissenschaft und digitale Gesellschaft
Stephan Krauß: Dr. Katja Böhler wird neue Staatssekretärin im TMWWDG. In: wirtschaft.thueringen.de. Thüringer Ministerium für Wirtschaft, Wissenschaft und digitale Gesellschaft, 14. Dezember 2021, abgerufen am 25. Dezember 2021.