Er ging nach Genf, liess sich 1833 von Vertretern mehrerer freikirchlicher Gemeinschaften zum Verkündigungsdienst ordinieren und kehrte nach Bern zurück, wo die liberale Regenerationszeit angebrochen und Glaubensfreiheit bzw. Gewissensfreiheit eingeführt worden waren. In Bern, Thun, Steffisburg, Münsingen BE sowie im Emmental gründete er daraufhin christliche Gemeinden und nannte sie Freie Evangelische Gemeinden, weil sie vom Staat unabhängig waren. Daneben unterhielt er internationale Kontakte zu freikirchlichen Bewegungen in ganz Europa.
Die Berner Gemeinde gründete 1837 eine Evangelistenschule, 1840 eine Knabenschule, 1855 eine Mädchenschule und baute eine Kapelle, die von Bernhard von Wattenwyl gestiftet worden war und am 13. Januar 1861, kurz vor Rodts Tod, eingeweiht werden konnte.
Hartmut Weyel: Im Wesentlichen eins, im Unwesentlichen frei. Carl von Rodt (1805–1861). Jurist, Pastor und Gemeindeleiter; in: H. Weyel: Zukunft braucht Herkunft. Lebendige Porträts aus der Geschichte und Vorgeschichte der Freien evangelischen Gemeinden, GuTh 5.5/1, Witten 2009.
Rolf Ch. Strasser: Notizen zur Geschichte der Freien Evangelischen Gemeinden. Textarchiv der Evangelischen Fernbibliothek, Wetzikon, 2011. Online abrufbar auf efb.ch: PDF