1815 wurde er auf Niemeyers Empfehlung als Conrector des Gymnasiums Stralsund im Katharinenkloster berufen. Nach dem Tode des Rectors Furchau 1820 wurde er dessen Nachfolger, zuerst kommissarisch, seit 1825 als Direktor des Gymnasiums. Er brachte preußischen Standard in die alte vorpommersche Anstalt, erwarb sich bald einen guten Ruf und erhielt 1827 das Angebot, Direktor des Friedrichwerderschen Gymnasiums in Berlin zu werden, das er ausschlug. Die Universität Greifswald verlieh ihm 1830 den Ehrendoktor der Theologie.
Wanderer, steiles Gedach und mühende Stützen hier siehst du.
Steh und verehre; denn Gott nennet das seine dies Haus!
Frömmigkeit gründete dies für IHN und auch für die Sitten.
Väter der Lehre sodann bauten den heiligen Bau.
Im Dezember 1831 wurde er als Nachfolger des verstorbenen Adolph Gottlob Lange zum Rektor der Landesschule Pforta berufen, wo er bis zu seinem Tod wirkte und sich „durch seine Humanität und Biederkeit, seine große Geschäftstüchtigkeit und ausgezeichnete Lehrgabe bei seinen Amtsgenossen und Schülern ein unvergängliches Andenken“ erwarb.[3]
C. Kirchneri novae quaestiones Horatianae. Leipzig 1847 books.google
Hodegetik oder Wegweiser zur Universität für Studierende nebst einer systematischen Uebersicht der Wissenschaften und Künste und den Studienplänen für die einzelnen Fächer des Gelehrtenberufs. Leipzig: Vogel 1852
Verzeichniss der von dem verstorbenen Rector Carl Kirchner hinterlassenen werthvollen Bibliothek, vorzüglich aus den Gebieten der Philologie, Alterthumskunde, Geschichte und Geographie, Naturwissenschaft u.s.w., ausgezeichnet durch eine ungewöhnlich reichhaltige Litteratur über Horaz, welche nebst einigen kleineren Büchersammlungen am 1. October 1855 und den folgenden Tagen in Schulpforta bei Naumburg a.d.S. öffentlich gegen baare Zahlung (in 14 Thaler-Fusse) versteigert werden soll 1855 books.google
Petra Dorfmüller: Rectores portenses. Leben und Werke der Rektoren der Landesschule Pforta von 1543 bis 1935. Beucha 2006, S. 74–77 (mit ausführlichem Schriftenverzeichnis)