Schafhäutl forschte auch zur Geologie der Alpen und schrieb zahlreiche Abhandlungen. Er gilt als Erstbeschreiber des Minerals Paragonit.[2] Daneben beschäftigte er sich mit technisch-akustischen und musikalischen Untersuchungen und erfand unter anderem das Vibrationsphotometer (1840), ein Phonometer (1853) und ein Taschenphonometer (1860).
Grabstätte
Die Grabstätte von Karl Emil Schafhäutl befindet sich auf dem Alten Südlichen Friedhof in München (Gräberfeld 21 – Reihe 13 – Platz 14) Standort48.12641666666711.565222222222.
Schriften
Geognostische Untersuchungen des südbayrischen Alpengebirges. München 1851 Archive
Südbayerns Lethae geognostica. Leipzig 1863 Textband Archive, Atlas von 2 Karten und 98 Tafeln
Die Geologie in ihrem Verhältnis zu den übrigen Naturwissenschaften. München 1843 Archive
Die neuesten geologischen Hypothesen und ihr Verhältnis zu den übrigen Naturwissenschaften überhaupt. 1844
Werke
Der echte gregorianische Choral in seiner Entwicklung bis zur Kirchenmusik unserer Zeit. München 1869
Ein Spaziergang durch die liturgische Musikgeschichte der katholischen Kirche. München 1887
Wilhelm Ernst: Karl Emil von Schafhäutl (1803–1890). Ein bayerisches Universalgenie des 19. Jahrhunderts. Selbstverlag Ernst, Ingolstadt 1994.
Hans Mendl: Literatur als Spiegel christlichen Glaubens. Religiöse Kinder- und Jugenderzählungen katholischer Autoren von 1750 bis 1850. Eos, St. Ottilien 1995, S. 287–289, 443 f (Werkverzeichnis).