1951 übernahm Karl Eigen den elterlichen Bauernhof in Klein Parin. Von 1969 bis 1984 war er Vorsitzender des Kreisbauernverbandes Eutin und zugleich 1. Vizepräsident des Landesbauernverbandes Schleswig-Holstein. 1984 zum Vorsitzendes des Landesbauernverbandes Schleswig-Holstein gewählt, blieb in dieser Funktion bis 1994 und wurde danach zum Ehrenpräsidenten ernannt.
Unter seiner Federführung gründeten 1990 der Deutsche Bauernverband und der Bundesverband Deutscher Pflanzenzüchter gemeinsam die Union zur Förderung von Oel- und Proteinpflanzen (Ufop), deren erster Vorsitzender Eigen wurde. Von 1993 bis 1995 war er zudem auch Vorsitzender der Fachagentur Nachwachsende Rohstoffe (FNR), die ebenfalls auf seine Initiative hin ins Leben gerufen wurde. Auf diese Weise wurde Eigen zu einem der Begründer und Vorreiter des Raps-Anbaus zur Erzeugung von Biodiesel. 2009 gründete und finanzierte er gemeinsam mit Dietrich Brauer die „Karl Eigen und Dr. h. c. Dietrich Brauer Stiftung“, die sich der Förderung von Wissenschaft und Forschung auf dem Gebiet der Öl- und Eiweißpflanzen widmet.[2]
Er war evangelischen Glaubens, verheiratet und hatte zwei Kinder.