Ab 1900 war er Opernchef am Prager Nationaltheater. 1916 richtete er dort Leoš Janáčeks Oper Jenůfa neu ein, diese Version verhalf dem Komponisten und der Oper endlich zum Durchbruch.
Seine Oper Psohlavci mit einem Libretto von Jan Sladký nach Alois Jirásek hatte 1898 großen Erfolg, er komponierte insgesamt sieben Opern, die auch zur Aufführung kamen. Kovařovic ist für seine volkstümliche Salonmusik bekannt.
Ženichové. (Die Bräutigame), Libretto Antonín Koukl nach Simeon Karel Macháček; 3 Akte (1882/83; Uraufführung 13. Mai 1884 Prager Nationaltheater
Cesta oknem (Der Weg durchs Fenster, ursprünglich Frasquitta), ; Emanuel Züngl nach Eugène Scribe und Gustave Lemoine, Uraufführung 11. Febr. 1886 Prager Nationaltheater
Noc Šimona a Judy (Die Nacht Simons und Judas), Libretto Karel Šípek nach Pedro Antonio de Alarcón; Uraufführung 5. Nov. 1892 Prager Nationaltheater
Edip král (König Ödipus), Libretto August Vojtěch Nevšímal, Uraufführung 1894
Psohlavci (Die Hundsköpfe), Libretto Karel Šípek nach Alois Jirásek) Uraufführung 24. April 1898 Prager Nationaltheater (deutsches Übersetzung: Bauernrecht von Richard Batka, 1900)
Na Starém bělidle (Auf der alten Bleiche/Das alte Waschhaus), Libretto Karel Šípek nach Božena Němcová, Uraufführung 22. Nov. 1901 Prager Nationaltheater