Jón Helgason wurde am 21. Juni 1866 in Álftanes als Sohn des Pfarrers Helgi Hálfdanarson, des späteren Rektors des Prestaskólinn (Isländisches Priesterseminar), und seiner Frau Þórhildur Tómasdóttir geboren.[1] Er stammte aus einer bekannten Familie, zu der auch sein Großvater Tómas Sæmundsson gehörte, der Professor in Breiðabólstaður war. Jón studierte zwischen 1880 und 1886 an der Schule in Reykjavik, schloss dann sein Studium ab und fuhr noch im selben Sommer nach Kopenhagen, wo er verschiedene Universitätsabschlüsse erwarb, darunter 1892 den der Theologie. Zwischen 1892 und 1893 unterrichtete er in Reykjavík, arbeitete 1893 an einer Kirche in Dänemark, absolvierte 1894 zwei weitere Abschlüsse an der Schule in Höfn und reiste dann mit einem Stipendium der dänischen Regierung durch Deutschland. Dort lernte er die deutsche Bibelforschung und die Veröffentlichungen liberaler Theologen kennen.[1]
Im Jahr 1908 wurde er zum Direktor des Prestaskólinn ernannt. Von 1911 bis 1916 war er Professor für Theologie an der Universität von Island, mehrere Jahre lang Dekan der Theologischen Fakultät und von 1914 bis 1915 auch Rektor der Universität. Er wurde 1916 zum Bischof von Island ernannt und 1917 ordiniert. Er erhielt im selben Jahr die Ehrendoktorwürde in Theologie von der Universität Kopenhagen und 1936 von der Universität von Island. Als Bischof widmete er sich in seiner Freizeit dem Schreiben über kirchengeschichtliche Themen.
Er trat am 1. Januar 1939 in den Ruhestand. Zum Nachfolger wurde der Propst Sigurgeir Sigurðsson gewählt.[2]
Jón Helgason heiratete am 17. Juli 1894 Martha Maria Licht (1866–1945) aus Hundborg, Dänemark. Sie waren die Eltern von mindestens 2 Söhnen und 3 Töchtern.
Anmerkung: Personen aus Island werden mit dem Vornamen oder mit Vor- und Nachnamen, jedoch nicht allein mit dem Nachnamen bezeichnet. Weiterführende Informationen finden sich unter Isländischer Personenname.