1923/24 war Prüwer Generalmusikdirektor am Nationaltheater Weimar, dann von 1924 bis 1933 ordentlicher Professor an der Hochschule für Musik in Berlin. Hier war er für die Kapellmeisterausbildung zuständig und leitete das Hochschulorchester. 1925 wählten ihn die Berliner Philharmoniker zum Dirigenten ihrer populären Konzerte, er dirigierte bis 1933 an mehr als 700 Abenden. 1933 verlor er aufgrund seiner jüdischen Herkunft seine Ämter. 1936 übernahm er das Sinfonieorchester des Jüdischen Kulturbunds in Frankfurt am Main und lehrte an der Jüdischen Privaten Musikschule Hollaender in Berlin. 1939 emigrierte er nach New York, lehrte dort später am College of Music und dirigierte das New York City Symphony Orchestra.
1907 heiratete er die Tänzerin Margarete Fichtner (1881–1961), lebte aber ab 1909 mit der Opernsängerin Fanchette Verhunc zusammen.[3]
↑Dessauer Künstler-Lexikon. Die Theaterkünstlerinnen und Theaterkünstler seit 1794, Hrsg. Stadt Dessau, Amt für Kultur und Sport, Museum für Stadtgeschichte Dessau, Stadtarchiv Dessau-Roßlau, Dessau 2009, Bd, V, S. 720f.
↑Mark Obert-Thorn, Julius Prüwer. The forgotten Maestro. Im Booklet zur CD-Kassette: Prüwer. the forgotten maestro: Orchestral Recordings from 1928 – 1933, Pristine Audio PASC 674, 2022.