Jukka Jalonen spielte in seiner aktiven Karriere nur eine einzige Spielzeit lang im professionellen Eishockey. In der Saison 1985/86 bestritt er zwei Spiele für JyP HT in der SM-liiga, der höchsten Spielklasse Finnlands. Anschließend war er nur im Amateurbereich aktiv.
Im Jahr 2001 kehrte Jalonen in seine finnische Heimat zurück, wo er von HPK Hämeenlinna unter Vertrag genommen wurde, mit dem er in den folgenden sechs Spielzeiten vier Mal – in den Jahren 2002, 2003, 2005 und 2007 – den dritten Platz in der SM-liiga erreichte. Zudem wurde er mit der Mannschaft 2006 Finnischer Meister, wofür er mit der Kalevi-Numminen-Trophäe als bester Trainer der Saison ausgezeichnet wurde. In der Saison 2006/07 erreichte Jalonen mit dem Team das Finale um den IIHF European Champions Cup, das die Mannschaft deutlich mit 0:6 gegen den russischen Vertreter Ak Bars Kasan verlor.
Im Sommer 2007 wurde Jalonen Assistenztrainer von Finnlands neuem Nationaltrainer, dem Kanadier Doug Shedden. Nachdem dieser vor der Saison 2008/09 beim EV Zug in der Schweizer National League A einen Vertrag erhalten hatte, übernahm Jalonen dessen Amt als Cheftrainer. Bei der Weltmeisterschaft 2011 gewann Jalonen mit der finnischen Auswahl die Goldmedaille.
Ab Dezember 2012 war Jalonen parallel Cheftrainer beim SKA Sankt Petersburg, ehe er nach der Weltmeisterschaft 2013 das Amt des Nationaltrainers aufgab und sich ganz auf den SKA konzentrierte. Anfang April 2014 wurde er aus seinem laufenden Vertrag vom SKA entlassen.
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