López Soto war vom 10. Oktober 1972 bis 1. Juli 1976 als Pfarrvikar in Delicias tätig. 1975 wurde er außerdem Bischofsvikar für die Region Camargo. Von 1976 bis 1982 war Juan Guillermo López Soto Kaplan der am Hospital Central Universitario de Chihuahua tätigen Ordensschwestern, Geistlicher Begleiter der in der Kinderkatechese Tätigen und Pfarrvikar in Lázaro Cárdenas sowie Sekretär des Priesterrats. Daneben war er Verantwortlicher für die Fortbildung der Geweihten Jungfrauen und der Ständigen Diakone sowie ab 1981 zudem für die Priesterfortbildung. 1977 war er zusätzlich kurzzeitig stellvertretender Generalvikar. Von 1982 bis 1992 wirkte er als Pfarrer in Saucillo und als Bischofsvikar für die Region Delicias. Ab 1992 war López Soto Generalvikar des Erzbistums Chihuahua.[1]
In der Mexikanischen Bischofskonferenz war Juan Guillermo López Soto von 1997 bis 2000 Mitglied der Kommissionen für die Sozialpastoral und für das Laienapostolat. Er gehörte von 2004 bis 2006 der Kommission für die Priesterseminare und die Berufungspastoral an und war Repräsentant der Pastoralregion Golf von Mexiko. Von 2006 bis 2009 war López Soto stellvertretender Repräsentant der Kirchenprovinz Chihuahua und Verantwortlicher für das Centro Católico Multimedia.[1]
