Juan García-Santacruz Ortiz studierte 1956 nach dem Theologiestudium am Priesterseminar von Toledo Erziehungsphilosophie mit Schwerpunkt Psychologie. Er empfing am 26. Mai 1956 in Toledo die Priesterweihe. Er war als Seelsorger in verschiedenen Pfarreien tätig. Er war Leiter der Caritas Interparroquial (1974–1979) und Mitglied des Lehrkörpers der Schule der Priesterbruderschaft (1982–1992) und der Hochschule für Berater (1984–1992) sowie Kanoniker der Kathedrale von Toledo (1987–1992). Zudem lehrte er Religion an der Colegio Mayol (1973), das Instituto El Greco (1974–1978) und Instituto Alfonso X el Sabio (1978–1983).
In der spanischen Bischofskonferenz CEE war er Mitglied der bischöflichen Kommissionen für Migration (1993–1996), Seminare und Universitäten (1993–1996) und des Laienapostolats (1996–2005). Von 2005 bis 2011 war er Mitglied der Bischöflichen Kommission für das kulturelle Erbe gewesen.