Papst Pius XII. übertrug ihm 1940 die Leitung des Erzbistums Goa, mit dem der Titel des Patriarchen von Ostindien einhergeht. 1953 wurde José da Costa Nunes Präsident des Ständigen Komitees für die Internationalen Eucharistischen Kongresse. 1953 ernannte ihn der Papst zum Titularerzbischof von Odessus.
Im Dezember des gleichen Jahres wurde er Vize-Camerlengo der Heiligen Römischen Kirche. Valerian Gracias, seit 1948 Erzbischof von Bombay, war ebenfalls ein Kandidat auf diesen Titel, doch das portugiesische Regime unter Salazar drohte dem Heiligen Stuhl mit dem Abzug der portugiesischen Abgesandten, falls ein anderer als José da Costa Nunes Kardinal werden sollte.[1]
Er starb am 29. November 1976 in Rom und wurde zunächst auf dem dortigen Friedhof Campo Verano beigesetzt, ehe seine Gebeine in die Kirche Sant’Antonio dei Portoghesi überführt wurden.
↑Teotónio R. Souza: D. José da Costa Nunes - a Patriarch who cared for more than Souls. In: Ulrich van der Heyden und Holger Stoecker (Hrsg.): Mission und Macht im Wandel politischer Orientierungen. Franz Steiner Verlag 2005, Stuttgart 2005, S.249f.