Am 25. Juni 1869 ernannte ihn PapstPius IX. zum Bischof von Sonora. José de Jesús María Uriarte y Pérez empfing am 13. März 1870 die Bischofsweihe. Die Amtseinführung fand am 10. April desselben Jahres statt. Am 9. August 1883 ernannte ihn Papst Leo XIII. zum ersten Bischof von Sinaloa. Die Amtseinführung erfolgte am 8. Dezember desselben Jahres.