Nachdem Bonilla 2001 costa-ricanischer Meister im Einzelzeitfahren wurde und 2002 eine Etappe der Vuelta Ciclista a Costa Rica, erhielt er 2004 seinen ersten Vertrag bei einem Professional Continental Team, der spanischen Mannschaft Comunidad Valenciana. In seinem ersten Jahr dort gewann er eine Etappe der Vuelta a Castilla y León und die Gesamtwertung und zwei Etappen der Costa Rica-Rundfahrt. In seinem zweiten Jahr bei diesem Team wurde er zum zweiten Mal costa-ricanischer Meister im Einzelzeitfahren.
2007 wechselte er zu Fuerteventura-Canarias und fährt seit 2008 für national registrierte costa-ricanische Radsportteams. Er gewann bis 2011 u. a. noch zwei weitere Zeitfahrmeistertitel, die Gesamtwertung der Costa-Rica-Rundfahrt 2011.
Erfolge
2001
Costa Rica Costa-ricanischer Meister – Einzelzeitfahren