Schon während seines Studiums spielte er am Schauspiel Frankfurt Richard in DNA von Dennis Kelly in der Regie von Robert Schuster. Diese Inszenierung wurde mit dem Günther-Rühle-Preis 2011 für die beste schauspielerische Ensembleleistung bei der Woche junger Schauspieler in Bensheim ausgezeichnet.[2] Jonas Schlagowsky gastierte neben dem Schauspiel Frankfurt auch an der Landesbühne Marburg, dem Theater Heidelberg, sowie dem Schauspielhaus Zürich, wo er mit Christian Stückl zusammenarbeitete.[2] Sein erstes Festengagement trat Jonas Schlagowsky 2012 am Saarländischen Staatstheater an.
Jonas Schlagowsky spielte über 170 Vorstellungen des Klassenzimmerstücks Deine Helden – Meine Träume von Karen Köhler in Schulen in Weimar und ganz Thüringen. Ziel war es innerhalb der Vorstellungen im Klassenzimmer und in den darauffolgenden Nachgesprächen Jugendliche zu den Themen Rechtsextremismus und Rassismus zu sensibilisieren.[2][3]
Seit 2015 ist Jonas Schlagowsky Teil der Kula Compagnie mit Schauspielern aus Frankreich, Israel, Afghanistan und Italien. Die transnationalen Theatergruppe führte ihn zu Gastspielen nach Serbien, Italien, Frankreich, Österreich und der Schweiz.[2]
2014 hatte Jonas Schlagowsky im Saarbrücker Tatort Adams Alptraum eine Episodenhauptrolle.[4]