Whitaker war das fünfte von acht Kindern von Thelma und John O. Whitaker, Sr. Er begann seine Karriere bereits als Dreijähriger, indem er in mehreren Werbespots mitwirkte. Über die Grenzen der USA hinaus bekannt wurde er 1966 durch die Rolle des Jonathan „Jody“ Patterson-Davis in der US-amerikanischen Kinderserie Lieber Onkel Bill (Family Affair) neben Anissa Jones als Buffy. Whitaker war beim Vorsprechtermin für die Rolle gerade einmal sechs Jahre alt. Ebenfalls 1966 trat er neben seinem Filmonkel Brian Keith aus Lieber Onkel Bill in seinem ersten Kinofilm auf, der Filmkomödie Die Russen kommen! Die Russen kommen!.
Anschließend spielte Whitaker in zahlreichen weiteren Produktionen mit, darunter beginnend 1972 mit Die Promenadenmischung in mehreren Disney-Filmen. So war er im gleichen Jahr auch neben Jodie Foster in Flucht in die Wildnis zu sehen. 1973 hatte er die Titelrolle in dem von den Sherman-Brüdern geschriebenen MusicalTom Sawyers Abenteuer neben Jodie Foster als Becky Thatcher, die von Whitaker in diesem Film ihren ersten Filmkuss bekam.
Eine Ehe mit der Theateragentin Symbria Wright währte von 1984 bis 1988. Er nahm später auch an einem Drogenentzug teil.[1]
Seit 2001 war Johnny Whitaker auch öfter in der Talkshow-Parodie Nighty Nite San Francisco zu sehen. Er spricht mehrere Sprachen fließend, unter anderem auch die Gebärdensprache für Gehörlose.
