Clarke studierte am Amherst College mit de Bachelor-Abschluss 1877 und lehrte an verschiedenen Colleges, darunter dem Smith College, wo er 1882 Professor wurde. In dieser Zeit begann er sich mit Paläontologie zu befassen, speziell dem oberen Devon. 1883/84 war er in Deutschland, unter anderem bei Adolf von Koenen in Göttingen, wo er das obere Devon des Ibergs bearbeitete, und bei Emanuel Kayser, ebenfalls Devon-Spezialist. 1884/85 unterrichtete er am Amherst College. 1886 wurde er Assistent des Staatspaläontologen von New York James Hall am New York State Museum of Natural History in Albany. 1894 wurde er Professor für Geologie und Mineralogie am Rensselaer Polytechnic Institute und 1898 als Nachfolger von Hall Staatspaläontologe in New York. 1904 wurde er Staatsgeologe und -paläontologe und Direktor des Naturkundemuseums in Albany. 1906 wurde er zum korrespondierenden Mitglied der Göttinger Akademie der Wissenschaften gewählt.[1]
Neben dem Devon von New York bearbeitete er das Devon in Deutschland, dem südöstlichen Teil Quebecs in Kanada, Maryland, Argentinien, Brasilien und den Falklandinseln. Von ihm stammen über 450 wissenschaftliche Veröffentlichungen.
1916 war er Präsident der Geological Society of America. Mindestens 42 Arten und 3 Gattungen von Lebewesen wurden nach ihm benannt. 135 Gattungen und 870 Arten hat er selbst erstbeschrieben und benannt.[2] Er setzte als Staatsgeologe die Landesaufnahme von New York fort und setzte den Schutz ausgewählter Geotope durch.
Die Fauna des Iberger Kalkes, Neues Jahrbuch Mineralogie, Geologie und Paläontologie, Beilage, Band 3, 1884, 316–411
mit Hall: Devonian Crustacea, 1888
The Hercynian question, 1889, 1891
mit Hall: An Introduction to the Study of the Genera of Paleozoic Brachiopoda 1892/94
mit Hall: A Memoir on the Paleozoic Reticulate Sponges constituting the Family Dictyospongidse, 1898/99
The stratigraphic and faunal relations of Oneonta, Ithaca and Portage Groups in Central New York 1897
The paleozoic faunas of Pará, Brazil, Albany 1900
mit Rudolf Ruedemann: The Eurypterida of New York, Albany 1912
mit Leonidas Chalmers Glenn, Charles Butts: Devonic and Carbonic formations of southwestern New York, Albany, University of the State of New York, 1903
The Naples fauna in western New York, Albany, University of the State of New York, 1904
Early Devonic History of New York and Eastern North America 1908-1909
The heart of Gaspé; sketches in the gulf of St. Lawrence, by John Mason Clarke; with many illustrations, Macmillan 1913
The philosophy of geology and the order of the state 1917 (Adresse als Präsident der Geological Society)
Organic dependence and disease: their origin and significance, Yale University Press 1921
James Hall of Albany, geologist and palaeontologist, Albany 1923
L´ile Percée, the Final of the St. Lawrence, or Gaspé flaneries, 1923
↑Holger Krahnke: Die Mitglieder der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen 1751–2001 (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse. Folge 3, Bd. 246 = Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften in Göttingen, Mathematisch-Physikalische Klasse. Folge 3, Bd. 50). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2001, ISBN 3-525-82516-1, S. 59.
↑Nachruf von Schuchert und Ruedemann bei der National Acad. Sci., Biographical Memoirs 1926