Schon früh interessierte er sich für die Insektenkunde. Während seiner Studienzeit veröffentlichte er eine Arbeit über etwa 20 Laufkäferarten der Ostküste. Schon damals unternahm er auch Reisen in den Westen Nordamerikas, so 1844 und 1846 an den Oberen See, 1844 an den oberen Mississippi River und 1845 in die Rocky Mountains. 1848 kehrte er zusammen mit Louis Agassiz in die Umgebung des Oberen Sees zurück. Zwischen 1849 und 1851 bereiste er Kalifornien und erforschte den Colorado River.
1852 verlegte er seinen Wohnsitz nach Philadelphia, wo er bis zu seinem Tod lebte. Allerdings unternahm er noch viele Forschungsreisen, unter anderem nach Honduras (1857), Panama und New Mexico (1867), Europa, Algerien und Ägypten. Die Wüstenspottdrossel (Toxostoma lecontei, engl. „LeConte's Thrasher“) wurde von Le Conte anlässlich einer Käfer-Sammlungsreise nach Arizona entdeckt, und von George Newbold Lawrence nach ihm benannt.
1861 heiratete er Helen Grier, mit der er zwei Söhne hatte. Während des Sezessionskriegs arbeitete er als Chirurg und als medizinischer Aufseher und wurde zum Oberstleutnant befördert. Von 1878 bis zu seinem Tod war er Geschäftsführer der Philadelphia Mint (Münzanstalt) in Philadelphia.
Le Conte veröffentlichte etwa 60 wissenschaftliche Monographien und zwei große Grundlagenwerke über die Insekten Nordamerikas. Seine Sammlungen vermachte er dem Museum für vergleichende Zoologie in Cambridge (Massachusetts).
Er begründete die Familie der Forellenbachkäfer Amphizoidae LECONTE 1853 in der zoologischen Systematik.
Schriften
Classification of the Coleoptera of North America (1862, 1873)
List of Coleoptera of North America (1866)
New Species of North American Coleoptera (1866, 1873)
The Rhynchophora of America North of Mexico (1876)
zusammen mit George Henry Horn: Classification of the Coleoptera of North America. Part II (1883)
↑Carl von Voit: John Lawrence le Conte. In: Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Classe der k. b. Akademie der Wissenschaften zu München. Band15, 1885, S.178–179 (online [PDF; abgerufen am 2. März 2017]).