Lavery war ein Schüler der Haldane Academy in Glasgow, im Alter von 23 Jahren wechselte er 1879 an die Heatherly School of Art; dort wurde er der Mitschüler von William Lionel Wyllie. 1891 ging er, unterstützt von seinen Lehrern, nach Paris an die Académie Julian. Dort wurde er Schüler von William Adolphe Bouguereau und Tony Robert-Fleury und mit deren Einverständnis konnte Lavery während der Sommermonate in und um Glasgow als Landschaftsmaler wirken und während des Winters lernte er unter Aufsicht an der Akademie.
Nach seiner Rückkehr nach Großbritannien ließ sich Lavery in Glasgow nieder und wurde dort schon bald einer der wichtigsten Vertreter der Glasgow Boys. Im Jahr 1899 heiratete er Kathleen MacDermott und hatte mit ihr die Tochter Eileen (1890–1935). Seine Ehefrau starb bereits im darauffolgenden Jahr, geschwächt von der Geburt, an Tuberkulose. Im Jahr 1909 heiratete Lavery in zweiter Ehe Hazel Martyn (1897–1935), welche ihre Tochter Alice mit in die Ehe brachte.
Im Jahr 1888 wurde Lavery von der Stadtverwaltung von Glasgow beauftragt, den Besuch von Königin Victoria anlässlich der International Exhibition 1888 auf Leinwand zu bannen. Nach zwei Jahren konnte das Werk übergeben und ausgestellt werden.
Nach dem Tod seiner ersten Ehefrau unternahm Lavery immer wieder ausgedehnte Reisen ans Mittelmeer und durch Nordafrika. Er verbrachte auch gerne die Wintermonate in Tanger (Marokko), wo dann auch viele Bilder von ihm entstanden.
↑Académicien décédé: Sir John Lavery. Académie royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, abgerufen am 9. Oktober 2023 (französisch).