1940 bestellte ihn Bischof Clemens August Graf von Galen trotz Behinderungen durch die Behörden zum Nachfolger des von den Nationalsozialisten aus dem Oldenburger Land ausgewiesenen OffizialsFranz Vorwerk. Pohlschneider wurde nach nicht fristgerechtem Protest seitens der oldenburgischen Landesregierung Ende Mai am 2. Juni in sein Amt eingeführt.
Daraufhin erklärte die Landesregierung die bestehenden Vereinbarungen zwischen dem oldenburgischen Staat und der katholischen Kirche für ungültig, beschlagnahmte das Offizialatsgebäude und stellte die Zahlung der sogenannten Bauschsumme ein, die aus dem Staatshaushalt für den Unterhalt des Offizialats bestimmt war. Pohlschneider konnte danach seine Amtsgeschäfte in provisorisch eingerichteten Räumen weiterführen und richtete 1941 sogar noch ein eigenes Seelsorge-Amt ein, um die Seelsorge den schwierigen Zeiten anzupassen. An- und Übergriffe der Nationalsozialisten konnte er energisch und geschickt abwehren. Nach Kriegsende leitete er caritative Hilfsmaßnahmen für Ausgebombte und Flüchtlinge, führte umfangreiche Sammelaktionen durch und betreute insbesondere die katholischen Flüchtlinge aus Schlesien im protestantischen Landesteil seelsorgerisch. Ab Sommer 1945 setzte er sich in Verhandlungen mit der provisorischen Staatsregierung in Oldenburg für die Wiedereinführung der Konfessionsschulen ein und begann mit den Vorbereitungen für den Aufbau einer katholischen Pädagogischen Hochschule in Vechta (der heutigen Universität Vechta), die bereits im März 1946 ihren Lehrbetrieb aufnehmen konnte.
Am 17. Dezember 1945 wurde er Nichtresidierender Domkapitular in Münster. Bischof Michael Keller berief ihn am 8. Oktober 1948 zum Generalvikar des rheinisch-westfälischen Teils des Bistums Münster. Zu seinen Aufgaben zählten der schwierige Wiederaufbau der kriegszerstörten kirchlichen Gebäude und Einrichtungen sowie die Reorganisation von Kirchensteuersystem und kirchlicher Verwaltung.
Am 13. Dezember 1974 nahm Papst Paul VI. seinen altersbedingten Rücktritt an. Bis zur Amtseinführung seines Nachfolgers Klaus Hemmerle im Oktober 1975 verwaltete er das Bistum als Apostolischer Administrator. Er wurde in der Bischofsgruft des Aachener Domes bestattet.
Verhalten gegenüber Missbrauchsvorwürfen
Am 20. Mai 2023 wurde durch die Aachener Zeitung erstmals öffentlich bekannt, dass Johannes Pohlschneider in seiner Funktion als Bischof von Aachen bereits 1961 mit Missbrauchsvorwürfen gegen einen Pfarrer konfrontiert wurde.[2] In den folgenden Jahren hat er diesen Pfarrer mehrfach versetzt und ihn unter anderem als Religionslehrer an einer Schule arbeiten lassen. Die Strafverfolgungsbehörden wurden nie eingeschaltet, der Pfarrer wurde für seine mutmaßlichen Taten nie zur Rechenschaft gezogen.[3]
