Während der Option in Südtirol entschied sich Geisler am 25. Juni 1940 – maßgeblich beeinflusst von Generalvikar Alois Pompanin, einem NS-Sympathisanten – in der Brixner Zweigstelle der ADERST für die Abwanderung in das Deutsche Reich.[1]
Am 5. April 1952 trat er von seinem Amt zurück und wurde von Papst Pius XII. zum Titularerzbischof von Odessus ernannt. Kurze Zeit später verstarb Johannes Geisler.
Josef Gelmi: Fürstbischof Johannes Geisler (1882–1952). Eines der dramatischsten Kapitel der Südtiroler Geschichte. Weger, Brixen 2003, ISBN 88-85831-91-5.
Gerald Steinacher: Nazis auf der Flucht. Wie Kriegsverbrecher über Italien nach Übersee entkamen. Studienverlag, Innsbruck-Wien-Bozen 2008, ISBN 978-3-7065-4026-1.
Der Hohe Dom ist ihr Grabstein, Artikel vom 21. August 2008 in der Zeitung Dolomiten, S. 9.
Andrea Sarri: Chiesa e società nella diocesi di Bressanone tra le due guerre mondiali. La cultura religiosa dei vescovi Johannes Raffl (1921–1927) e Johannes Geisler (1930–1939). In Studi trentini. Storia 96, 2017, S. 207–224.