Seine berufliche Laufbahn begann als Regierungsbauführer (Referendar) bei der Oberpostdirektion Berlin. Nach Tätigkeiten in der Militärbauverwaltung und bei der Bezirksregierung Potsdam wurde er von 1914 bis 1918 zum Kriegsdienst eingezogen. Beim Einsatz an der Westfront zog er sich eine Verwundung zu.
Nach Kriegsende kehrte Göderitz nach Berlin zurück und war dort zunächst beim Oberpräsidium als Regierungsbaumeister (Assessor) beschäftigt. Auf Veranlassung des Magdeburger Stadtbaurats Bruno Taut trat Göderitz 1921 in den Dienst der Stadt Magdeburg und war zunächst Mitarbeiter im Arbeitsstab Tauts. 1923 wurde er zum Magistratsbaurat ernannt und war verantwortlich für die städtische Hochbauverwaltung.
In Zusammenarbeit mit Konrad Rühl und Gerhard Gauger entwarf Göderitz 1924 eine Wohnsiedlung an der Magdeburger Großen Diesdorfer Straße (heute „Hermann-Beims-Siedlung“ in Stadtfeld West). Am 5. Januar 1927 wurde der Grundstein für die Magdeburger Stadthalle gelegt, die Göderitz entworfen hatte. Im gleichen Jahr erhielt er in der Nachfolge des nach Berlin gewechselten Taut die offizielle Berufung zum Stadtbaurat. Unter seiner Leitung entstanden in Magdeburg moderne und stark beachtete städtebauliche Objekte, die die Stadt zum Teil noch heute prägen und Göderitz den Ruf einbrachten, einer der hervorragendsten Vertreter des Neuen Bauens zu sein. Seine Ideen veröffentlichte Göderitz 1927 in der Publikation „Magdeburg - Stadt des Neuen Bauwillens“. Im Oktober 1928 legte Göderitz einen Generalbebauungsplan und eine neue Stadtbauordnung für Magdeburg vor. Ab 1929 übernahm er auch das Dezernat für Theater und Orchester. 1930 gründete er den Magdeburger Verein für deutsche Werkkunst, dessen Vorsitzender er wurde. Im Jahre 1932 erarbeitete Göderitz ein Konzept für die Sanierung der Magdeburger Innenstadt.
Nach der Machtergreifung der Nationalsozialisten wurde Göderitz unter dem Vorwurf des Kulturbolschewismus am 15. Juni 1933 abgesetzt. Bis 1936 war er zunächst als freier Architekt in Magdeburg tätig. Von 1936 bis 1945 übernahm er die Geschäftsführung der Deutschen Akademie für Städtebau, Reichs- und Landesplanung in Berlin. In den Jahren 1939 und 1940 leitete er dort die Arbeitsgruppe Organische Stadterneuerung. 1943 und 1944 arbeitete er in der Landesplanungsgemeinschaft Mark Brandenburg.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs übernahm Göderitz von 1945 bis 1953 die Funktion eines Stadtbaurates in Braunschweig und leitete den Wiederaufbau der im Krieg stark zerstörten Stadt. Zudem lehrte er von 1945 bis 1950 als Honorarprofessor an der Technischen Hochschule BraunschweigLandesplanung, Städtebau und Wohnungswesen. Von 1960 bis 1962 war Göderitz Direktor des Instituts für Städtebau und Wohnungswesen an dieser Hochschule, bis 1970 außerdem Lehrbeauftragter für Raumordnung und Landesplanung.
1978 wurde die Johannes-Göderitz-Stiftung gegründet. Diese vergibt jährlich nach Auslobung von Ideenwettbewerben zur Förderung studentischer und wissenschaftlicher Arbeiten in Architektur und Städtebau den Johannes-Göderitz-Preis.
Bauten
1923 und 1927: städtisches Elektrizitätswerk in Magdeburg
1924: Ausstellungshalle „Land und Stadt“ (später gen. „Hermann-Gieseler-Halle“) in Magdeburg
1924–1926: Ausstellungsgelände Rotehornpark in Magdeburg, Elbinsel Rotehorn
1924–1925: Flugplatz auf dem Großen Cracauer Anger bei Magdeburg
1923–1926: Bauten auf dem Städtischen Vieh- und Schlachthof in Magdeburg: Kleinvieh-Markthalle (1923), Rinder-Markthalle (1924), Kesselhaus (1924), Erweiterung der Schweinemarkthalle (1926)
Ines Hildebrandt: Göderitz, Johannes Gustav Ludwig. In: Guido Heinrich, Gunter Schandera (Hrsg.): Magdeburger Biographisches Lexikon 19. und 20. Jahrhundert. Biographisches Lexikon für die Landeshauptstadt Magdeburg und die Landkreise Bördekreis, Jerichower Land, Ohrekreis und Schönebeck. Scriptum, Magdeburg 2002, ISBN 3-933046-49-1.
Olaf Gisbertz: Bruno Taut und Johannes Göderitz in Magdeburg. Architektur und Städtebau in der Weimarer Republik. Gebr. Mann, Berlin 2000, ISBN 3-7861-2318-7.
Olaf Gisbertz: "Mit dem Frühling um die Wette bauen". Johannes Göderitz in Magdeburg. In: Christian Antz u. a. (Hrsg.): Neues Bauen Neues Leben. Die 20er Jahre in Magdeburg. Deutscher Kunstverlag, Berlin 2018, ISBN 978-3-422-92628-8, S. 76–89.
