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Ihre Schwester Margarete von Burgund, die 1305 den ältesten Sohn Philipps des Schönen, den Kronprinzen Ludwig und späteren König Ludwig X. geheiratet hatte, wurde 1314 im Verlauf des Skandals um den Tour de Nesle des Ehebruchs angeklagt[4]. In diese Ereignisse verstrickt waren außerdem die beiden anderen Schwiegertöchter des Königs, Johanna – Ehefrau des späteren Königs Philipp V. – und Blanka von Burgund, aus der Familie der Pfalzgrafen von Burgund und Ehefrau des späteren Königs Karl IV. Alle drei wurden verhaftet, jedoch nur Margarete und Blanka verurteilt und in der Burg Château-Gaillard eingekerkert. Dort wurde Margarete im folgenden Jahr erdrosselt und Blanka bis nach ihrer Scheidung 1322 festgehalten.
Diese Vorgänge trugen wesentlich dazu bei, dass die Dynastie der Kapetinger im direkten Mannesstamm ausstarb. Philipp von Valois, Johannas Ehemann, 1328 trat nach dem Tod des kinderlosen Karl IV. als dessen nächster Verwandter die Thronfolge an. Johanna wurde gemeinsam mit ihm am 29. Mai 1328 in der Kathedrale von Reims gekrönt.
Johanna von Burgund starb vermutlich an der Pest und wurde in der Abtei Saint-Denis, der Grablege des französischen Königshauses, beigesetzt.
Nachkommen
Johanna und Philipp hatten neun Kinder:
Philipp (* 1316; † 1316)
Johanna (* 1318; † 1322)
Johann II. der Gute (* 26. April 1319; † 8. April 1364), König von Frankreich 1350–1364
Marie (* um 1326; † 22. September 1333), ⚭ 1332 (Ehe nicht vollzogen) Johann von Brabant (* 1327; † 1335/36), Sohn von Johann III.Herzog von Brabant und Limburg
↑Lexikon des Mittelalters; Joachim Ehlers, Heribert Müller, Bernd Schneidmüller: Die französischen Könige des Mittelalters 888–1498. Beck, München 2006, S. 240 (eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche; Angabe: Dezember 1349)
↑Paul de Couder, Leon Marcy: Histoire de la tour de Nesle. In: Ann Arbor (Hrsg.): Collection XIX. 1. Auflage. Michigan 2016, ISBN 978-2-346-12721-4 (französisch).