Neben ca. 60 Hirtenbriefen war Bischof Zwerger der Verfasser folgender Schriften:
Was lehrt das allgemeine Vatikanische Concilium über die Unfehlbarkeit des Papstes? Für seine Diöcesanen beantwortet, 1870
Die Nothwendigkeit, die weltliche Herrschaft des Papstes wiederherzustellen, 1870
Die Lage der heiligen Kirche in den gegenwärtigen Bedrängnissen und die Pflichten der Katholiken, 1870
Die Volksschule in ihren Beziehungen zu Familie, Kirche und Staat, 1871
Die Reise in die Ewigkeit, 1872
Maria von den Engeln, 1872
Die gegenwärtige Empörung der Welt gegen Gott und unser Verhalten dabei, 1873
Die confessionellen Gesetzentwürfe, 1874
Die Schätze der römisch-katholischen Christen. Für seine Diöcesanen dargestellt, 1874
Ablaß und Jubiläum, 1875
Die schönste Tugend und das häßlichste Laster, 1876
Der Glaube als göttliche Tugend oder die Pflicht zu glauben in ihrer Begründung, Erfüllung und Übertretung, 1877
Die wahre Kirche Jesu Christi in ihrer Wesenheit und in ihren Beziehungen zur Menschheit, 1880
Bischofsstab Johann Baptist Zwerger. Heute:Diözesanmuseum Graz
Nach seinem Tode wurden weitere Schriften publiziert, etwa:
Johannes B. Zwerger: Apis ascetica. Eine Blumenlese aus ascetischen Werken. Zum eigenen Gebrauche gesammelt., herausgegeben von Franz von Oer, Selbstverlag 1894
Martin Kolozs: „Für seine Zeit der richtige Mann“. Lebensbild des Hirten Johannes Baptist Zwerger. Herausgegeben von der Johannes Zwerger Initiative Graz. Kyrene, Wien 2023, ISBN 978-3-902873-96-5.[1]
