Ab 1998 hatte sie am Salk Institute eine ordentliche Professur für Pflanzenbiologie und leitete das dortige Institut für Pflanzenbiologie.
Chory konnte wegweisende Arbeiten zur Genetik und Molekularbiologie der Photomorphogenese und ihrer Beeinflussung durch Photorezeptoren und deren Signaltransduktion erbringen. In ihrer Arbeitsgruppe wurde Brassinolid, ein pflanzliches Steroidhormon, entdeckt, das die Antwort von Pflanzen auf Licht vermittelt, und es wurde der zugehörige Hormonrezeptor und sein Signalweg identifiziert. Chory konnte wesentlich zum Verständnis der Auxine beitragen, einer weiteren Gruppe von Pflanzenhormonen. Viele ihrer Arbeiten verwenden die Acker-Schmalwand (Arabidopsis thaliana) als Modellorganismus.
Chory starb am 12. November 2024 an den Folgen einer Parkinson-Erkrankung. Sie wurde 69 Jahre alt.[2]
Wolfgang Busch: Joanne Chory obituary: biologist who discovered the genetic origin of light-induced plant growth. In: Nature. Band 28, 2025, doi:10.1038/d41586-024-04166-8.