1954 wurde Kunert Regisseur beim DEFA-Studio für Wochenschau und Dokumentarfilme. Dort realisierte er den 30-minütigen Dokumentarfilm Ein Strom fließt durch Deutschland mit Impressionen der Elbe von Schmilka bis Hamburg, einen 20-minütigen Film über die Dresdner Philharmoniker und schließlich eine Dokumentation über das Leben des Schriftstellers Martin Andersen Nexø, die (wie viele Dokumentarfilme der DEFA) in der BRD einem Aufführungsverbot unterlag.
Seit 1956 war Kunert als Regisseur beim DEFA-Studio für Spielfilme angestellt. Sein erster Spielfilm Besondere Kennzeichen: keine (1955), ein Nachkriegsdrama über eine Frau (gespielt von Erika Müller-Fürstenau), die ohne Mann und ohne Arbeit ihre Kinder versorgen muss, entstand nach einem Drehbuch von Berta Waterstradt, mit der er auch 1959 bei der Komödie Ehesache Lorenz zusammenarbeitete. Eine längere künstlerische Zusammenarbeit entstand auch mit dem Schriftsteller Jens Gerlach, mit dem er beim Andersen-Nexø-Dokumentarfilm das Drehbuch schrieb. Die beiden planten einen Spielfilmzyklus nach Werken Andersen Nexøs, der die Werke Pelle der Eroberer, Morten der Rote und Jeanette umfassen sollte. Realisiert wurde allerdings nur die als Fingerübung gedachte Andersen-Nexø-Verfilmung Der Lotterieschwede mit Erwin Geschonneck in der Titelrolle. Es folgten weitere Gegenwartsfilme für die DEFA und 1961 mit Die letzte Nacht (nach einem Drehbuch von Hermann Rodigast) Kunerts erste Arbeit für das Fernsehen.