Die Jihlávka entspringt anderthalb Kilometer nordöstlich von Pavlov am südlichen Fuße des Kamenny kopec (650 m) in der Böhmisch-Mährischen Höhe. An ihren Lauf nach Norden liegen Zhořec, Stonařov, Prostředkovice, Suchá, Beranovec, Loučky, Vílanec, Čížov, Rančířov, Domky und Sasov. Hiernach fließt die Jihlávka östlich der Altstadt von Jihlava vorbei und mündet nach 23,8 km am Fuße des Kalvarienberges in die Jihlava. Ihr Einzugsgebiet umfasst 106,4 km².
In Jihlava erstreckt sich am rechten Ufer des Flusses der Zoologische Garten.
