Der Red Rock River entspringt am Südosthang des Mount Jefferson (3109 m), unmittelbar an der Grenze zu Idaho, im Brower’s Spring. Die Quelle liegt auf etwa 2750 m und wird als Ursprung des Missouri anerkannt. Sie ist nach Jacob V. Brower benannt, der sie 1896 zum Missouri-Ursprung erklärte und mit einer gravierten Kupferplatte versah. Der Red Rock River fließt zuerst nach Westen und anschließend weiter nach Norden. Er durchfließt den Oberen und Unteren Red Rock Lake sowie den Lima-Stausee (Lima Reservoir). Vorbei an der Ortschaft Lima verläuft der Fluss parallel zur Interstate 15. Im Clark-Canyon-Stausee (Clark Canyon Reservoir) vereinigt sich der Red Rock River mit dem von Westen kommenden Horse Prairie Creek zum Beaverhead River.
Beaverhead River
Mündung des Ruby (hinten links) in den Beaverhead (hinten rechts)
Der Beaverhead River fließt in nordöstliche Richtung parallel zur Interstate 15. Er durchfließt Dillon. Etwas südlich der Ortschaft Twin Bridges nimmt der Beaverhead den Ruby auf und vereinigt sich nördlich der Ortschaft mit dem Big Hole River zum Jefferson River.
Jefferson River
Jefferson River
Der Jefferson River fließt nun weiter nach Nordosten und bildet etwa 2,5 Kilometer südwestlich der Ortschaft Trident durch den Zusammenfluss mit dem Madison River den Missouri. Die Stadt Bozeman liegt 46 Kilometer südöstlich und die Ortschaft Three Forks sieben Kilometer südwestlich des Zusammenflusses der beiden Flüsse.
