Von da an arbeitete Parker einerseits mit Musikern von Bill Callahans Band Smog, andererseits mit Fred Anderson. Er gründete weitere Ensembles wie das Aesop Quartett, Tricolor und Vega. 2003 legte er sein Debütalbum Like-coping (Delmark) vor, das er mit dem Bassisten Chris Lopes und dem Schlagzeuger Chad Taylor einspielte.[1] Gemeinsam mit Kevin Drumm und Michael Zerang entstand das Improvisationsalbum, Out Trios, Vol. 2 für Atavistic Records. 2004 folgte das Soloalbum The Relatives. Auch arbeitete er mit Mazurek im Exploding Star Orchestra sowie mit Harris Eisenstadt (The Soul and Gone, 2004), Nicole Mitchell, Mike Reed (About Us, 2009) und Matana Roberts. Seine nächste Aufnahme als Leader veröffentlichte er mit seinem Trio 2011 bei Delmark, Bright Light in Winter.
Nachdem Parker 2013 nach Los Angeles zog, nahm er mit Mazurek das Album Some Jellyfish Live Forever auf. RogueArt veröffentlichte 2015 auch das Debütalbum der Hip-Hop/Jazz-Band Illtet: Auf Gain arbeitete er mit Mike Ladd, High Priest (Antipop Consortium) und Tyshawn Sorey. Auf Parkers Album The New Breed (2016) kam zu einer Orientierung an traditionellem Rhythm and Blues und Soul ein deutlicher Hip-Hop-Einfluss und die Verwendung von Sampling-Techniken hinzu. Später im Jahr veröffentlichte Parker die Solo-LP Slight Freedom auf dem Label Eremite.
Jeff Parker & The New Breed: Suite for Max Brown (International Anthem, 2020, mit Josh Johnson, Paul Bryan, Jamire Williams bzw. Makaya McCraven bzw. Jay Bellerose sowie Rob Mazurek bzw. Nate Walcott, Ruby Parker)[2]