Von Napoléon Bonaparte zum Staatsrat ernannt, erhielt er die Aufsicht über die Küsten von Bretagne. Nach der Schlacht bei Marengo am 14. Juni 1800 war er als Präsident der Konsulat von Genua bei der neuen Organisation Italiens beschäftigt. 1802 wurde er zum französischen Kriegsminister ernannt und verwaltete dieses Amt, bis ihm 1809, da man ihm die schlechte Verteidigung von Antwerpen zur Last legte, das Portefeuille genommen wurde.
1810 wurde Dejean zum Grafen und 1812 zum Senator ernannt. Als solche berief man ihn zum Vorsitzenden des Kriegsgerichts über die Generale Claude François de Malet, Victor Claude Fanneau de Lahorie und Emmanuel Maximilien Guidal, bei welcher Gelegenheit er eine ehrenvolle Unabhängigkeit bewies. 1814 schloss sich Dejean den Bourbonen an, wurde Pair und Gouverneur der polytechnischen Schule, trat aber 1815 wieder zu Napoleon I. über, verlor deshalb nach der zweiten Restauration seine Stelle als Pair, erhielt sie 1819 wieder und wurde Generaldirektor in der Kriegsadministration.
Dejean nahm 1820 seinen Abschied und starb am 12. Mai 1824 in Paris.