Nach seinem Studium an der Universität Lausanne erhielt er 1957 ein Diplom in Archivkunde und Paläografie an der École nationale des chartes. Seine Diplomarbeit befasste sich mit dem Handelsplatz Genf zwischen 1480 und 1540.[1] 1963 promovierte Bergier an der Universität Genf, wo er anschliessend bis 1969 als ordentlicher Professor für Wirtschafts- und Sozialgeschichte wirkte. Von 1969 bis 1999 übte er diese Funktion am Institut für Geschichte der ETH Zürich aus.
Jean-François Bergier galt als Experte für die Wirtschaftsgeschichte der Schweiz und des Alpenraums.
Schriften
Les foires de Genève et l'économie internationale de la Renaissance, Sevpen, Paris 1963, OCLC490316689 (Dissertation (Thèse) Université de Genève, Faculté des sciences économiques et sociales, 1963, 519 Seiten, französisch; „Genfer Messen und die internationale Wirtschaft der Renaissance“).
Zu den Anfängen des Kapitalismus, das Beispiel Genf (= Beziehungen: Kölner Vorträge und Abhandlungen zur Sozial- und Wirtschaftsgeschichte, Band 20). Forschungsinstitut für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte an der Universität zu Köln, 1972 DNB730532585.
Die Wirtschaftsgeschichte der Schweiz. Von den Anfängen bis zur Gegenwart. Benziger, Zürich 1983, ISBN 3-545-34016-3, 2. aktualisierte Auflage, aus dem Französischen von Trude Fein und Markus Hediger, Benziger, Zürich 1990, ISBN 3-545-34089-9
Die Geschichte vom Salz. Campus, Frankfurt am Main 1989, ISBN 3-593-34089-5.
Wilhelm Tell – ein Europäer? Betrachtungen eines Historikers. Benziger, Zürich 1992, ISBN 3-545-34108-9.
Die Schweiz in Europa, aus dem Französischen von Josef Winiger. Pendo, Zürich 1998, ISBN 3-86612-153-9.
Die Schweiz, der Nationalsozialismus und der Zweite Weltkrieg (= «Bergier-Bericht»; als Herausgeber). Pendo, Zürich 2002, ISBN 3-86612-039-7.
Jean-François Bergier im Gespräch mit Bertrand Müller und Pietro Boschetti. Gelebte Geschichte. NZZ, Zürich 2007 (Übersetzt von Eva Moldenhauer), ISBN 978-3-03823-255-1.
