Nach dem Tod des Budweiser Bischofs Joseph Andreas Lindauer ernannte Franz Joseph I., dem das Nominationsrecht in seiner Eigenschaft als Kaiser von Österreich zustand, am 25. März 1851 Jan Valerián Jirsík zu dessen Nachfolger.
Während seiner Amtszeit wurde durch Vendelín Grünwald und sein Verdienst das tschechischsprachige Gymnasium in Budweis gegründet. Nach seinem Tod wurde er auf dem Friedhof der Kirche des Hl. Prokop in Budweis bestattet.
Aus Dankbarkeit für die Förderung des tschechischen Schulwesens errichtete die Stadt Budweis 1926 in der Nähe des Schwarzen Turms ein Denkmal für Jan Valerián Jirsík. Die Bronzestatue schuf Josef Václav Myslbek.
Werke
Jan Valerián Jirsík verfasste mehrere theologische Veröffentlichungen in tschechischer Sprache: