Von 1969 bis 1988 arbeitete er an der Katholischen Universität Lublin. Er war Vize-Dekan und 1984 Dekan der Theologischen Fakultät der Universität. Zwischen 1984 und 1988 war er Vizepräsident der KU Lublin. Er war zudem Dozent an den Seminaren in Lublin und in Pelplin sowie der Nikolaus-Kopernikus-Universität Toruń. Von 1991 bis 2001 war er Professor an der Universität Danzig.
Mit der Neustrukturierung und der Umbenennung der Diözese in das Bistum Pelplin durch die Bulle Totus Tuus Poloniae Populus am 25. März 1992 wurde Szlaga zum ersten Bischof von Pelplin ernannt.
Im Juni 1999 war Jan Szlaga Gastgeber beim Besuch Papst Johannes Paul II. in Pelplin. Er erneuerte das traditionsreiche Collegium Marianum und sorgte für die Restaurierung der Kathedrale. Er war Vorsitzender des Wissenschaftlichen Rates der polnischen Bischofskonferenz. Er war Mitglied des Rates für die Ökumene und der Bischöflichen Kommission für den Dialog mit dem Polnischen Ökumenischen Rat.
Szlaga veröffentlichte einige Bücher und Aufsätze. Er war Herausgeber einer Reihe gemeinsamer Arbeiten wie Allgemeine Einführung in die Schrift (Posen, 1986), in der er unter anderem eine eigene biblische Hermeneutik entwickelte.[1]
Auszeichnungen
Für sein Wirken wurde er mehrfach geehrt, darunter 2009 mit dem Orden Polonia Restituta für „herausragende Leistungen in Forschung und Lehre, für seine Arbeit in der Seelsorge und das Engagement für Menschen in Not helfen“.[1]
Er wurde Ehrenbürger von Chojnice (1994), Starogard Gdański (1997), Gmina Pelplin (2001) und Gdynia (2008). 2010 wurde er mit dem Verdienstkreuz der Woiwodschaft PommernZa Zasługi dla Województwa Pomorskiego geehrt.