Jacques Bonnaffé studierte Schauspiel am Conservatoire à rayonnement régional de Lille. Anschließend spielte er Theater und arbeitete dabei mit Regisseuren wie Jean-François Peyret, Arnaud Meunier, Joël Jouanneau und Gildas Bourdet zusammen. Sein Leinwanddebüt als Filmschauspieler gab er in einer kleinen Nebenrolle in dem 1980 erschienenen und von Édouard Niermans inszenierten Filmdrama Anthrazit an der Seite von Jérôme Zucca und Bruno Cremer. Für seine Darstellung des Bruno in dem von Jacques Doillon inszenierten Liebesdrama Die Versuchung von Isabelle wurde er bei der Verleihung des französischen Filmpreises César 1986 als nominiert. Eine weitere Nominierung erfolgte bei der Verleihung des César 1990 für seine Darstellung des André Gravey in René Férets Filmbiografie Champagner der Liebe.