Er wurde 1716 nach Wien berufen und 1726 von Kaiser Karl VI. zum Direktor der „K.k. Hofakademie der Maler, Bildhauer und Baukunst“ ernannt, die er zunächst grundlegend reorganisierte. Nach dem Tode Kaiser Karls VI. wurde ab 1740 die Unterstützung des Hofes für die Akademie immer geringer, so dass sie in van Schuppens Privathaus umziehen musste und der Unterricht dann eingestellt wurde. Ein Jahr vor Schuppens Tod wurde die Kunstakademie der Aufsicht des neuen Oberhofbaudirektors Adam Philipp Losy von Losinthal unterstellt.