1997 wurde er mit einer Arbeit über Kaiser Theodosius I. an der Gregoriana promoviert, anschließend war er als Seelsorger und Gymnasiallehrer tätig. 2003 habilitierte er sich an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz für das Fach Kirchengeschichte. Danach war er als Privatdozent am Mainzer Lehrstuhl für Mittlere und Neue Kirchengeschichte tätig. 2007 wurde Ernesti in Ökumenischer Theologie an der Theologischen Fakultät Paderborn mit einer Dissertation zum Thema Ökumene im Dritten Reich ein zweites Mal promoviert.
Jörg Ernesti war von 2007 bis 2013 ordentlicher Professor für Kirchengeschichte und Patrologie an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Brixen. Seit dem 1. Oktober 2013 ist Ernesti Professor für Kirchengeschichte, unter besonderer Berücksichtigung der Mittleren und Neuen Kirchengeschichte, an der Theologischen Fakultät der Universität Augsburg. 2019–2023 war er Dekan der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Augsburg. Seit 2019 ist er Mitglied der Erweiterten Universitätsleitung, seit 2023 auch des Universitätsrates.
Daneben wirkt er als Dozent für Kirchengeschichte und Patrologie in Brixen und als Pfarrseelsorger.
Princeps christianus und Kaiser aller Römer: Theodosius der Große im Lichte zeitgenössischer Quellen (= Paderborner theologische Studien. Bd. 25). Schöningh, Paderborn/München/Wien/Zürich 1998 (2. Auflage), ISBN 3-506-76275-3 (Dissertation, Päpstliche Universität Gregoriana, 1997).
Ferdinand von Fürstenberg (1626–1683): Geistiges Profil eines barocken Fürstbischofs (= Studien und Quellen zur westfälischen Geschichte. Bd. 51). Bonifatius, Paderborn 2004, ISBN 3-89710-282-X (Habilitationsschrift, Universität Mainz, 2003).
Ökumene im Dritten Reich (= Konfessionskundliche und kontroverstheologische Studien. Bd. 77). Bonifatius, Paderborn 2007, ISBN 978-3-89710-367-2 (Dissertation, Theologische Fakultät Paderborn, 2007).
Kleine Geschichte der Ökumene. Herder, Freiburg/Basel/Wien 2007, ISBN 978-3-451-29654-3.
Konfessionskunde kompakt: Die christlichen Kirchen in Geschichte und Gegenwart. Herder, Freiburg/Basel/Wien 2009, ISBN 978-3-451-30307-4.
Breve storia dell’Ecumenismo: Dal Cristianesimo diviso alle chiese in dialogo. EDB, Bologna 2010, ISBN 978-88-10-40125-5.
Paul VI.: Der vergessene Papst. Herder, Freiburg im Breisgau/Basel/Wien 2012, ISBN 978-3-451-30703-4.
Le Chiese cristiane. Evoluzione ed identità, storica. Mailand, Edizioni Paoline 2012, ISBN 978-88-315-4152-7.
Paul VI.: Die Biographie. Herder, Freiburg/Basel/Wien 2015 (3. Auflage), ISBN 978-3-451-35703-9.
