Ján Zachara begann als Jugendlicher in Trenčín mit dem Boxen. Schon unmittelbar nach Ende des Zweiten Weltkriegs stieß er in die damalige Spitzenklasse der tschechoslowakischen Boxer vor. 1946 startete er erstmals in der tschechoslowakischen Nationalmannschaft im Fliegengewicht, die in Prag einen Vierländerkampf mit Polen, Jugoslawien und der Sowjetunion bestritt. Ján Zachara gewann dabei gegen den polnischen und jugoslawischen Starter und boxte gegen den sowjetischen Sportler Lew Segalowitsch unentschieden. Auch 1947 bestritt er noch einige Länderkämpfe für die Tschechoslowakei. 1947 und 1948 wurde er tschechoslowakischer Meister im Bantam- bzw. Federgewicht.
An den Olympischen Sommerspielen 1948 in London nahm Ján Zachara nicht teil. Bei den Europameisterschaften 1949 in Oslo unterlag Zachara in der Vorrunde dem Dänen Henning Jensen. Ob er vor 1955 bei weiteren Europameisterschaften am Start war, lässt sich auf Grund der momentan noch mangelnden Quellenlage nicht ermitteln.
1955 startete Ján Zachara bei der Europameisterschaft in West-Berlin. Im Federgewicht traf er dabei im Achtelfinale auf Thomas Nicholls aus England und verlor diesen Kampf nach Punkten. Auch bei den Olympischen Sommerspielen 1956 in Melbourne war er wieder dabei. Er gewann dort im Federgewicht im Achtelfinale gegen Dong Hun-Chung aus Südkorea nach Punkten, unterlag aber im Viertelfinale gegen den Olympiasieger von 1952 im Bantamgewicht Pentti Hämäläinen aus Finnland nach Punkten und schied aus.
Ján Zachara beendete seine Boxerkarriere 1958. In diesem Jahr erhielt er in der Tschechoslowakei den Titel „Verdienter Meister des Sport“ und 1972 wurde er mit dem Titel „Verdienter Trainer“ ausgezeichnet.
Internationale Erfolge
(OS = Olympische Spiele, EM = Europameister, Fl = Fliegengewicht, Ba = Bantamgewicht, Fe = Federgewicht, Le = Leichtgewicht, damals bis 51 kg, 54 kg, 57 kg u. 60 kg Körpergewicht)