Das älteste Dokument, das den Namen des Dorfes erwähnt, ist ein Pergament aus dem Jahr 826 nach Christus, das sich im Staatsarchiv von Mailand befindet. Seitdem haben viele Dokumente über das Leben in einem Wohngebiet von beträchtlicher Größe berichtet. Im 13. Jahrhundert hatte die Gemeinde sieben Kirchen und Kapellen, während die Adligen von Ispra unter denjenigen in Erinnerung bleiben, die am meisten zum Bau der nahegelegenen EinsiedeleiSanta Caterina del Sasso in Leggiuno beigetragen haben.
Im Jahr 1276 wurde der blutigen Schlacht zwischen den Torriani und Anhängern des Erzbischofs Ottone Visconti um die Herrschaft des Staates Mailand gekämpft. Ein Zeugnis der zivilen und militärischen Ereignisse jener Zeit findet sich in den Ruinen der Burg San Cristoforo auf dem Gipfel des Monte del Prete (dem Haupthügel).
Ispra folgte dem Schicksal des Herzogtums Mailand in der Fehde von Laveno-Mombello, die 1449 von den Kapitänen der Gemeinschaft Mailand an den Grafen Vitaliano Borromeo verkauft wurde, die Fehde wurde dann zwischen diesen und den Visconti Borromeo aufgeteilt, die von den Litta Visconti Arese abgelöst wurden. 1636 wurde Ispra nach der Schlacht von Tornavento von den französischen Truppen geplündert. Es war lange Zeit ein Grenzland am See, das das Herzogtum Mailand vom Königreich Sardinien trennte und während der Zeit der österreichischen Herrschaft Sitz eines Zollstation war.
Ende des 19. Jahrhunderts waren zehn Unternehmen, die den Kalkstein bearbeiteten und es bildete sich eine Klasse von qualifizierten Arbeitern. Am Ufer des Sees gebaut, dienten die Öfen direkt vor Ort den Spezialbooten, die durch Sesto Calende und Naviglio Grande nach Mailand kamen. Dies hatte eine wichtige produktiv induzierte Aktivität geschaffen, die in den folgenden Jahren zurückging. In der Folge wurde der Kalkstein 1956–1958 vor Ort industrialisiert und in verschiedene Größen zerlegt, per LKW verteilt und an andere Seefeuerungsanlagen wie die von Caldè verkauft, der letzte 1960 geschlossene Ofen.
In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts begannen die Arbeiten zum Bau der Euratom, der heutigen Gemeinsamen Forschungsstelle (GFS).
Der Komplex der Pfarrkirche San Martino besteht aus zwei nebeneinander liegenden Kirchen mit entgegengesetztem Grundriss, die über die Seitenteile der Apsiden miteinander verbunden sind. Das erste, kleinere Gebäude mit Fresken aus dem 17. Jahrhundert hat eine nach Westen, zum Lago Maggiore, ausgerichtete Fassade. Das zweite, aus dem 18. Jahrhundert stammende Gebäude ist zeitgemäßer und für die täglichen Feierlichkeiten bestimmt, mit einer Fassade, die dem ersten gegenüberliegt und zum Platz hin nach Osten ausgerichtet ist. In einer Kapelle hinten den Apsis sind Fresken des Malers Cristoforo Martinolio (1624). Der Glockenturm aus Sandstein stammt aus dem Jahr 1680.
Gegenüber dem Friedhof befindet sich das Mausoleum von Castelbarco.
Casa Don Guanella, in der Fraktion Barza, beim mittelalterlichen Burgruinen mit (Betkapelle San Cristoforo 13. Jahrhundert) und archäologische Fünde am Gipfel Monte del Prete (311 m ü. M.)
Denkmal der Gefallenen
Fünf Öfen sind erhalten geblieben, was ebenso vielen weißen Wunden im Fels der Hügel entspricht: zwei nebeneinander liegende in der Ortschaft Puncia direkt unterhalb des Monte dei Nassi, einer in einem Privathaus in der Ortschaft Fornaci und zwei weit vom See entfernt in der Nähe des Dorfes, wobei der erste zu einer Privatvilla in der Via Monte Dei Nassi gehört und der andere direkt an der Via Monte Dei Nassi steht. Die Kalköfen bestanden aus einem großen kegelstumpfförmigen Tiegel mit einem Durchmesser von bis zu einem dreiviertel Meter und einer Höhe von sechs bis neun Metern, mit dem Kalkauslass auf der einen Seite und dem Eingang zum Holzfeuer auf der gegenüberliegenden, aber höheren Seite. Sie wurden mit speziellen Ziegeln und Steinen gebaut, um das Vorhandensein von feuerfestem Material im Inneren zu gewährleisten und die durch die Verbrennung entstehende Hitze zu halten. Der Rumpf/Kegel des Ofens wurde von oben mit dem Rohmaterial, dem Kalkstein, gefüllt, der in Größen von einigen Zentimetern bis zu mehreren zehn Zentimetern gespalten war.
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