Nach dem Tod von Erzbischof Bernardo Herrera Restrepo am 2. Januar 1928 wurde Perdomo Borrero gegen den Willen der kolumbianischen Regierung dessen Nachfolger. Im selben Jahr berief ihn Pius XI. zum Päpstlichen Thronassistenten. Zudem war er von 1928 bis zu seinem Tod Präsident der kolumbianischen Bischofskonferenz. Vor den Präsidentschaftswahlen im Jahr 1930 setzte er sich für den konservativen Kandidaten Alfredo Vásquez Cobo ein, dieser verlor die Wahl allerdings. 1948 ließ er die Pfarrgemeinden in der Stadt Bogotá neu strukturieren. Ismael Perdomo Borrero starb im Juni 1950.
Seligsprechungsprozess
Der Seligsprechungsprozess wurde im Januar 1962 eingeleitet. Papst Franziskus erkannte ihm am 7. Juli 2017 den heroischen Tugendgrad zu.[1]