Die ICU wurde 1953 als Stiftung gegründet, die 15 verschiedene protestantische Glaubensrichtungen der USA und eine Gruppe von japanischen protestantischen Glaubensrichtungen vereinte. Ziel war es, höhere Bildung auf christlicher Basis zweisprachig – Japanisch und Englisch – zu vermitteln.
Erster Präsident der Universität war Yuasa Hachirō. Das administrative und erzieherische System ähnelt dem amerikanischen College mit Kursen in Geisteswissenschaften, Sozialwissenschaften, Naturwissenschaften, Sprachen und Pädagogik.
Eine angeschlossene Oberschule integriert Kinder aus japanischen Familien, die aus dem Ausland zurückkehren.
Die ICU verfügt (2016) über acht Forschungseinrichtungen, die auch Konferenzen planen und durchführen. Sie bieten den Studenten die Möglichkeit, Forscher aus Japan und aus dem Ausland zu treffen.
Institute of Educational Research and Service (IERS)
Social Science Research Institute (SSRI)
Institute for the Study of Christianity and Culture (ICC)
Institute of Asian Cultural Studies (IACS)
Peace Research Institute (PRI)
Research Center for Japanese Language Education (RCJLE)
Institute for Advanced Studies of Clinical Psychology (IASCP)
