Ignacy Pieńkowski wurde auf dem Familienbesitz in Dołubowo geboren, seine Eltern waren Ludwik und Wiktoria Pieńkowski. Sein Bruder war der Physiker Stefan Pieńkowski. Von 1892 bis 1895 wurde er an der Schule für Malerei in Warschau von Wojciech Gerson ausgebildet. Später setzte er seine Studien an der Kunstakademie in Krakau unter Teodor Axentowicz und Leon Wyczółkowski fort. Im Jahr 1898 zog er nach Paris, wo er die Julian-Schule und die Academie Colarossi besuchte.[1] Es folgten Aufenthalte in München und Rom sowie später Reisen nach Deutschland, Russland und auch Brasilien.
Von 1909 bis 1913 lehrte er an der Kunstakademie Warschau. 1916 organisierte er eine Ausstellung polnischer Kunst in Moskau. 1918 wurde er an die Fakultät für Malerei an der Krakauer Kunstakademie berufen. Er war Mitglied der Künstlergesellschaft „Sztuka“ und des
Verbandes der Polnischen Bildenden Künstler ZPAP. Auf Veranstaltungen von „Sztuka“ wurden häufig Pieńkowskis Bilder gezeigt, es wurden mehrere Einzelausstellungen mit seinen Werken gegeben, so 1925 im brasilianischen Curitiba.