Gemeinsam mit seinem Bruder Curt erreichte Hugo von François am 24. Juni 1889 als Führer eines 21-köpfigen militärischen Kommandos die Walfischbucht in Deutsch-Südwestafrika (heute Namibia). Im Oktober sorgte sein Bruder dafür, dass er einen größeren Anteil an der Siedlung erhielt und sein Sitz in der Regierung in Windhoek gestärkt wurde. 1891 wurde er zum Leutnant befördert und 1896 zum Hauptmann. Im Juni des Jahres 1892 heiratete er während eines kurzen Besuches in Deutschland Else Gödecke.
Hugo von François verließ Deutsch-Südwestafrika im Jahr 1894, trat 1898 offiziell aus dem Militär aus und kehrte 1901 zu seiner Farm nach Otjihase in Deutsch-Südwestafrika zurück. Beim Ausbruch des Hereroaufstandes im Jahre 1904 floh er am 12. Januar 1904 nach Windhoek und trat der Schutztruppe bei. Als Militärkommandant organisierte er den Widerstand der Stadt und deren Abwehr. Am 13. März 1904 fiel er in einem Gefecht bei der Wasserstelle Ovikokoreroim Kampf gegen die Ovaherero.