Die Burg wurde von den Herren von Homburg (auch von Hohenburg) als Ministerialen des Würzburger Hochstifts erbaut. Erster urkundlich erwähnter Burgherr war 1170 Dietrich von Hohenberg. Der Überlieferung nach soll die Burg bereits zwischen 1028 und 1031 durch Reinhard von Hohenberg aus Burg Adolphsbühl, einen Sohn Arnolds von Hohenstein, der 1008 von der Lahn nach Franken ausgewandert sei, gegründet worden sein.[1] Dies ist jedoch nicht belegbar und wahrscheinlich später erfunden.[2] Die Burg lag im Grenzgebiet des Hochstifts Würzburg, der Grafen von Rieneck, der Grafen von Henneberg und der Reichsabtei Fulda. Mit Dietrich von Homburg stellte das Geschlecht zwischen 1223 und 1225 einen Bischof von Würzburg. Dietrich von Hohenberg starb 1381 als Letzter seines Geschlechts ohne männlichen Erben. Damit endete die Reinhardsche Linie. Seine Tochter Christine mit ihrem Ehemann Konrad IV. von Bickenbach war die Alleinerbin des gesamten Hohenberger Eigentums. Damit fiel Hohenburg an das Haus Bickenbach, das seinen Sitz auf der Clingenburg hatte.
Die Vorburg mit dem Zwinger stammt aus der Frühgotik (um 1235) bzw. bekam ab 1470 Erweiterungen im Zwingerbereich.[3] 1525 überstand die Burg unversehrt den Bauernkrieg; aber im Jahre 1680 gab es einen Brand im Herrenhaus. Damit begann der allmähliche Verfall der Gebäude.
Georg Dehio, Tilmann Breuer: Handbuch der deutschen Kunstdenkmäler. Bayern I: Franken – Die Regierungsbezirke Oberfranken, Mittelfranken und Unterfranken. 2., durchgesehene und ergänzte Auflage. Deutscher Kunstverlag, München/Berlin 1999, ISBN 3-422-03051-4, S. 389.
Joachim Dittrich: Burg Hohenberg an der Wern (Homburg). Röll, Dettelbach 2010, ISBN 978-3-89754-303-4.
Verena Friedrich: Burgen und Schlösser in Franken. 2. Auflage. Elmar Hahn Verlag, Veitshöchheim 2016, ISBN 978-3-928645-17-1, S. 168–169.
Ursula Pfistermeister: Wehrhaftes Franken. Band 2: Burgen, Kirchenburgen, Stadtmauern um Würzburg. Verlag Hans Carl, Nürnberg 2001, ISBN 3-418-00386-9, S. 46–48.
Walter Schilling: Die Burgen, Schlösser und Herrensitze Unterfrankens. Echter Verlag, Würzburg 2012, ISBN 978-3-429-03516-7, S. 336–337.
↑Walter Schilling: Die Burgen, Schlösser und Herrensitze Unterfrankens. Würzburg 2012, S. 336.
↑John Zimmer: Bauaufnahme der Burgruine Homburg in Unterfranken. In: Burgen und Schlösser. Zeitschrift für Burgenforschung und Denkmalpflege. Heft 4/2018, S. 217–230 mit Hinweis darauf, dass die Inschriftensteine, die dies belegen sollen, heute verschwunden sind und es gute Argumente für eine Erfindung dieser Gründungstradition gebe. So auch Heinrich Wagner: Bischof Dietrich von Hohenberg und sein Geschlecht. In: Würzburger Diözesan-Geschichtsblätter. Band 62/63. Würzburg 2001, S. 1021–1088.
↑Joachim Dittrich: Burg Hohenberg an der Wern (Homburg). Dettelbach 2010.