Nach dem Schulbesuch in Celle studierte Hermann Schultz von 1853 bis 1856 Theologie und Philosophie an den Universitäten Göttingen und Erlangen. Während seines Studiums wurde er in Erlangen 1854 Mitglied der Burschenschaft der Bubenreuther.[1] Das Erste Theologische Examen bestand er 1856.
In den Jahren 1856 bis 1858 war Schultz als Privatlehrer in Hamburg tätig. 1858 promovierte er zum Doktor der Theologie und wurde ein Jahr später Repetent am Theologischen Stift in Göttingen.
Schultz habilitierte sich und blieb in Göttingen als Privatdozent. Schon 1864 erhielt er die ordentliche Professur für Alttestamentliche Theologie an der Universität Basel. Hier gehörte er ab 1870 auch dem Basler Kirchenrat an.
Ab dem Jahre 1876 lehrte Hermann Schultz an der Universität Göttingen, deren Theologische Fakultät ihm schon 1865 den Ehrendoktor verliehen hatte. Hier lehrte er neben Albrecht Ritschl und in enger Nähe zu ihm Systematische Theologie, außerdem die exegetischen Fächer und Praktische Theologie.
In Göttingen wurde Schultz zum Universitätsprediger ernannt, und 1881 wurde ihm in der Nachfolge von Hermann Reuter das Amt des Abtes des Klosters Bursfelde im Weserbergland übertragen. In dieser Eigenschaft gehörte er zu den leitenden Persönlichkeiten der Hannoverschen Landeskirche.
Schultz starb nach schwerer Krankheit im 67. Lebensjahr. Er gilt als ein bedeutender Repräsentant der Schule Albrecht Ritschls, dessen Totenrede er 1889 hielt. Sein Nachfolger in Göttingen wurde Walther Stein.
