Geboren als sechstes Kind des Pfarrers und Superintendenten Karl Friedrich Bonitz und seiner Mutter Maria Sophia Bonitz geb. Schmalkalden, studierte er nach dem Besuch der Landesschule in Schulpforta, einem ehemaligen Zisterzienserkloster bei Naumburg, an der Universität Leipzig Philosophie, Philologie, Theologie und Mathematik und an der Friedrich-Wilhelms-Universität Berlin Philologie. 1835 heiratete er Bertha Maria Semmel aus Gera, sie war die Tochter des Geraer Bürgermeisters, Handelsherrn und Rittergutsbesitzers Marcus Friedrich Semmel (1751–1801). Nach seiner Promotion 1836 in Leipzig war er bis 1849 im Schuldienst, zuerst als Lehrer in Dresden, ab 1838 als Oberlehrer in Berlin, und ab 1842 als Gymnasialprofessor in Stettin tätig.
1849 wurde er unter Vermittlung Franz Serafin Exners als Professor für Klassische Philologie an die Universität Wien berufen. Gemeinsam mit Exner entwarf er die unter Unterrichtsminister Leo Graf Thun-Hohenstein durchgeführte Reform zum 8-klassigen Gymnasium mit der „Maturitätsprüfung“. 1867 übersiedelte Hermann Bonitz im Rahmen seiner Ernennung zum Direktor des Gymnasiums zum Grauen Kloster und Direktor des Königlichen pädagogischen Seminars für gelehrte Schulen nach Berlin zurück. Ab 1875 war er Geheimer Regierungsrat und Vortragender Rat am Unterrichts-Ministerium. Seit 1850 war er auswärtiges Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften.[1] 1867 wurde er als ordentliches Mitglied in die Preußische Akademie der Wissenschaften aufgenommen.[2]
1888 zog sich Hermann Bonitz als Geheimer Ober-Regierungsrat aus dem Arbeitsleben zurück und verstarb am 25. Juli 1888 in Berlin kurz vor seinem 74. Geburtstag. Durch den Bildhauer Carl Kundmann wurde im Wiener Arkadenhof des Universitätshauptgebäudes eine Denkmalgruppe gestaltet, die den Reformern des österreichischen Bildungswesens, Leo Graf Thun-Hohenstein, Franz Exner und Hermann Bonitz, gewidmet ist
Im Jahr 1954 wurde in Wien-Floridsdorf (21. Bezirk) die Bonitzgasse nach ihm benannt.
Werk
Bonitz kommt zusammen mit Franz Serafin Exner eine entscheidende Bedeutung für die Reformierung des Schulsystems in Wien und Berlin zu. Seine umfangreichen Werke über Platon und Aristoteles, sein Index Aristotelicus (Berlin 1870), die Platonischen Studien (1875, 1886) sowie seine Übersetzung von Aristoteles’ Metaphysik (Berlin 1890) wurden Standardwerke der Geisteswissenschaften.
Rainer Leitner: Das Reformwerk von Exner, Bonitz und Thun. Das österreichische Gymnasium in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Kaderschmiede der Wiener Moderne. In: Sonja Rinofner-Kreidl (Hrsg.): Zwischen Orientierung und Krise. Zum Umgang mit Wissen in der Moderne. Böhlau, Wien 1998, S. 17–69, ISBN 3-205-98829-9.