Ursprünglich wurden die Toten von Weikersdorf auf dem Kirchhof der Helenenkirche beigesetzt. Dieser wurde jedoch einige Male durch Hochwasser der Schwechat zerstört. Daraufhin wurde 1832 der Helenenfriedhof am Hang des Römerberges in der Steinbruchgasse neu angelegt. Die Einweihung erfolgte am 23. März 1832.
Rund um die Aufbahrungshalle (heute Urnenkapelle) wurde der ältere Teil des Friedhofs eingerichtet und später nach oben erweitert. Die Urnenkapelle selbst wurde 1867 nach Plänen von Anton Baumgarten errichtet. Seit 1957 gehört der Friedhof zur katholischen Pfarre St. Christoph.
Auf dem Friedhof befinden sich etwa 1880 Grabstellen, davon 52 Urnennischen in der Urnenkapelle.
Persönlichkeiten, die auf dem Helenenfriedhof begraben sind