Danach wechselte er in habsburgische Dienste. 1769 wurde er in Wien zum Wirklichen Kämmerer ernannt, 1776 wurde Heinrich Franz von Rottenhan in Wien Beamter des Landesguberniums für Galizien. Um ihn zu ehren und seine Protektion zu sichern, wurde von Ansiedlern eine Ortsgründung in Galizien Rottenhan genannt.
Er beteiligte sich an den Kodifikationen und Reformen der Lehrpläne des Unterrichts in österreichischen Schulen.
Der Historiker Hermann Schüttler listet ihn in seinem Buch „Die Mitglieder des Illuminatenordens“ (München, 1991), als dem Geheimbund zugehörig auf, kann jedoch keinen Nachweis für seinen Ordensnamen und die Zeit seiner Mitgliedschaft erbringen.[1]
Ansässigkeit auf Schloss Rothenhaus und Schloss Jemnischt in Böhmen
Von seinem Vater übernahm Heinrich Franz Graf von Rottenhan die Herrschaft Rothenhaus (Červený Hrádek (Jirkov)) in Westböhmen, setzte die industrielle Entwicklung des Herrschaftsgebietes fort, gründete die Eisenhütte Gabrielahütten (Gabrielina Hut) im Erzgebirge und förderte mit dem Badearzt Bernhard Adler die Gründung des Kurortes Franzensbad (Frantiskovy Lazne) bei Eger (Cheb).
Er war in erster Ehe mit Auguste Elisabeth Freiin von Sickingen verheiratet. Durch seine zweite Ehe, geschlossen am 22. September 1773 in Prag mit Maria Gabriele Czernin von Chudenitz (* 1747, † 1806), Witwe des Josef Wenzel Graf von Trauttmansdorff-Weinsberg, auf Jemnischt (Schloss Jemniště) wurde er Inhaber der Herrschaft Jemnischt bei Beneschau (Benešov), südlich von Prag.
den jüngeren Bruder Heinrich Karl Wilhelm Graf von Rotenhan (* 1739, † 14. April 1800), 1787 bis 1800 Probst der Benediktinerabtei Sankt Burkard in Würzburg,
und aus der zweiten Ehe seines Vaters mit Juliane, geborene Marschalk von Ostheim die Halbgeschwister
Friedrich Philipp Christoph Graf von Rottenhan (* 1749, † 1798)
Friederike Maria Charlotte (* 1752),
Johanna Wilhelmine Susanne (* 1753) und
Maria Karolina Eleonore (* 1754).
Seine Nachkommen aus der zweiten Ehe mit Maria Gabriele Czernin von Chudenitz waren zwei Töchter.
Die erste, Maria Isabella von Rottenhan (* 6. Juli 1774 in Prag, † 14. Februar 1817 in Prag) heiratete am 12. Oktober 1799 in Prag Johann Nepomuk Joseph Graf Chotek von Chotkowa und Wognin (* 1767, † 1824), einen königlich böhmischen Gubernialbeamten und Ehrenbürger von Prag.
Die zweite Tochter Gabriela Maria Theresia von Rottenhan (* 16. Januar 1784, † 21. März 1863 in Prag), brachte die Herrschaft Rothenhaus (Červený Hrádek (Jirkov)), Preßnitz (Prisecnice) und Schloss Hauenstein (Zamek Horni Hrad) als Erbin in die Ehe, geschlossen am 15. Juli 1806 mit Georg Franz August von Buquoy (* 1781, † 1851), seit 1803 Erbe der Fideikommissherrschaften Gratzen (Nové Hrady) und Rosenberg (Rožmberk nad Vltavou), ein. Das Ehepaar wurde Begründer der Stammlinie der Buquoy-Rottenhan, die im Bergbau im böhmischen Teil des Erzgebirges im 19. Jahrhundert eine bedeutende Rolle spielten.
Michael Friedrich von Maasburg: Geschichte der obersten Justizstelle in Wien (1749–1848) Prag 1891.
Roman von Procházka: Genealogisches Handbuch erloschener böhmischer Herrenstandsfamilien. Verlag Degener & Co., Neustadt an der Aisch 1973, ISBN 3-7686-5002-2.
Stammfolge Rottenhan in Böhmen, S. 258–259.
Stammfolge Chotek (Chotek z Choczkowa a z Wognina, Chotek von Chotkowa und Wognin), S. 54–60.
(Mit zahlreichen Textellen zu Angehörigen der Czernin von Chudenitz.)
Die Wappen des böhmischen Adels. Bauer und Raspe, Neustadt an der Aisch 1979, ISBN 3-87947-030-8. (reprografischer Nachdruck von Siebmacher´s Wappenbuch, IV. Band, 9. Abteilung, Nürnberg 1886) (J. Siebmacher's grosses Wappenbuch; Bd. 30)
Grafen von Rotenhahn S. 163–164, Wappen auf Tafel 73.
Grafen von Buquoi S. 109–110, Wappen auf Tafel 59.
Grafen Cernin von Chudenic, S. 113–114, Wappen auf Tafel 60.
Hubert Weitensfelder: Studium und Staat : Heinrich Graf Rottenhan und Johann Melchior von Birkenstock als Repräsentanten der österreichischen Bildungspolitik um 1800. WUV-Univ.-Verlag, Wien 1996, ISBN 3-85114-265-9, S. 52–94. (Dissertation der Universität Graz, 1989).
Roman von Procházka: Genealogisches Handbuch erloschener böhmischer Herrenstandsfamilien. Oldenbourg Verlag, München Ergänzungsband 1990, ISBN 3-486-54051-3. (Herausgegeben vom Vorstand des Collegium Carolinum, Forschungsstelle für die böhmischen Länder in München).
Stammfolge Longueval (Grafen von Bucquoy), S. 85–87.
(Mit zahlreichen Textellen zu Angehörigen der Czernin von Chudenitz).