Im Jahre 1968 habilitierte er sich und wurde 1969 zum Universitätsprofessor an der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg berufen. Von 1971 bis 1974 war er stellvertretender Rektor (Prorektor) in Freiburg. 1981/82 war er Fellow des Wissenschaftskollegs zu Berlin. Im Jahr 2000 schied Gauger als Professor an der Albert-Ludwigs-Universität aus.
Gaugers Forschungsschwerpunkte lagen im Bereich der Romanischen Philologie, der Sprachtheorie sowie der philosophischen Sprachwissenschaft. Dabei war es ihm ein besonderes Anliegen, im Übergangsgebiet zwischen Literatur- und Sprachwissenschaft zu arbeiten, wobei ihm daran lag, seine Thesen einer breiteren, auch außerwissenschaftlichen Öffentlichkeit zugänglich zu machen – eine Leistung, für die ihm 1984 der Deutsche Sprachpreis verliehen wurde. Sein Werk war u. a. geprägt durch die Freundschaft zum Historiker Golo Mann sowie die Freund- und Bekanntschaften zu Schriftstellern wie Martin Walser, Georges-Arthur Goldschmidt und Elazar Benyoëtz. Hans-Martin Gauger widmete sich besonders auch Schriftstellern aus dem Südwesten Deutschlands, beispielsweise Johann Peter Hebel.[2]
Vom Lesen und Wundern. Das Markus-Evangelium. Suhrkamp Verlag, Frankfurt 2005, ISBN 978-3-518-41729-4.
Das ist bei uns nicht Ouzo: Sprachwitze. C. H. Beck, München 2006, ISBN 978-3-406-55963-1.
Das Feuchte & das Schmutzige. Kleine Linguistik der vulgären Sprache. C. H. Beck, München 2012, ISBN 978-3-406-62989-1.[9]
Herr Professorin. (2013) In: A. Baumann, A. Meinunger (Hrsg.): Die Teufelin steckt im Detail. Zur Debatte um Gender und Sprache. Kulturverlag Kosmos, Berlin 2017, S. 57.