Eder begann seine sportliche Laufbahn beim Innsbrucker AC. Über das BNZ Tirol stieß er 2002 zum FC Wacker Tirol. Mit den Innsbruckern wurde er 2003 Meister der Regionalliga West, im Jahr darauf stieg er mit Wacker Tirol als Meister der Ersten Liga in die Bundesliga auf. Im Jänner 2007 wechselte er zum österreichischen Rekordmeister SK Rapid Wien, wo er 2008 österreichischer Meister wurde. Der SK Rapid Wien verlängerte den Vertrag von Hannes Eder um zwei weitere Jahre bis Juni 2012.
Im Jänner 2011 wechselte Hannes Eder leihweise bis Sommer zum in die dänische SAS-Liga zu Sønderjysk Elitesport.[1][2] Sein Engagement dort stand verletzungsbedingt und aufgrund lückenhafter Gehaltszahlungen von Vereinsseite aus allerdings unter keinem guten Stern. Nach der Frühjahrsaison mit nur zwei Einsätzen kehrte er wieder aus Dänemark zurück.
Im Sommer 2011 wechselte Eder zum Aufstiegsaspiranten der „Heute für Morgen“-Erste Liga SCR Altach nach Vorarlberg und unterschrieb dort einen Vertrag bis Sommer 2013.[3] Im Sommer 2012 wurde der Vertrag auf Wunsch des Spielers einvernehmlich aufgelöst und Hannes Eder unterzeichnete einen langfristigen Vertrag bei SK Austria Klagenfurt. Aufgrund finanzieller Probleme des Vereins trat er aus diesem Vertrag im Jänner 2013 aus. Seit Herbst 2013 ist der 2-fache ÖFB-Teamspieler beim SV Horn unter Vertrag.[4]
Nationalmannschaft
Hannes Eder durchlief alle Nachwuchsnationalmannschaften des ÖFB, war Stammspieler der U-21-Nationalmannschaft und gab sein A-Länderspieldebüt gegen Liechtenstein im Oktober 2006. Hannes Eder war der erste Tiroler, der nach dem Zusammenbruch des FC Tirol Innsbruck den Sprung ins Nationalteam schaffte.