Dieser Artikel beschreibt die Handball-Regionalliga der Männer in Deutschland. Für den gleichnamigen Frauen-Wettbewerb siehe Handball-Regionalliga (Frauen) 2006/07.
Die Handball-Regionalliga 2006/07 war die zweite Saison nach der Auflösung der Regionalliga Mitte. Im Gegensatz zur vorherigen Spielzeit gab es in allen fünf Ligen jeweils nur eine Staffel. Die fünf Meister stiegen in die 2. Bundesliga auf: